资讯分享｜Research Project Notes (1): 选题 & 文献搜索整理阅读

开始前

• Pharmacology 专业大四/Masters，做 literature review + meta-analysis, 不进lab，没有敲代码（LaTeX不算代码吧？）
• 出于隐私保护的考虑，模糊、修改了一些细节。
• 之前没有过任何科研训练和相关经验，写出来更多的是对这段日子的一种记录？都是我的经历，可能缺乏普适性。
• 水平不高，预期是对高中以上大四以下的朋友们有用。如果有什么不对的地方，欢迎大佬们指出～捉虫也欢迎！
• 中英夹杂🈶️ 电脑端观看效果更佳。

本文目录

1. 确定选题的过程
2. 文献搜索和整理
3. 读文献+整理笔记
4. How to review a paper

如何确定选题

我的导师是没有给选题的，第一次见面的时候，给了我一些 topics，和大致选题的方向，然后让我自己做research。

导师希望我的research question是那种PICO structure，即某种药如果用来治某种病的话会多有效。PICO的具体意思如下：

因为我没有特别想做的方向，所以除了看一看导师给我的那些topic之外，还广撒网式的去看了其他文章。

我找选题的网站是 New Scientist（https://www.newscientist.com），在Health这一栏下面挑感兴趣的文章点开来看。一般来说，在文章最后都会有journal references，就可以顺着文章和作者找到更多的文献读。

在我选题的时候（20年10月），有非常多COVID相关的文章，但是我又不想做COVID，翻了两天没找到自己特别感兴趣的。

我也顺着journal impact factor去了几个知名的期刊，在他们的官网上找最近新发布的文章列表，从中挑出了几个自己感兴趣的话题。列表是在NIH找到的（https://tools.niehs.nih.gov/srp/publications/highimpactjournals.cfm），挑了那些名字看起来像是医学、健康、生物、脑神经科学相关的点进去看。

还有就是从病情入手。我在MSD manual和NHS A to Z里面随机找各种病点开看，看到有趣的就去学校图书馆的database里面搜索一篇review，看看有没有感兴趣的地方。

我也想过要不要无脑选导师现在在做的topic，因为如果他现在在做的话，肯定比较懂，或许能给我更多的指点？但是他的那个topic我实在是很难打起兴趣来，遂放弃。不过身边有同学是这么选了的，他说如果有方向上的细微不同，导师也不太了解，所以这么选择的助益可能非常小。

如此下来，大概花了五六天，我的手头上留下了五个病+药的组合。

.

想要了解这些病/药并发展出自己的想法，我一般会从一篇五年内的review开始。

我的经验是，越有名的期刊上文章的质量一般就越高，比如BMJ, Lancet和Cochrane的，结构清楚，语言简练，读起来很舒心。

先大概了解一下这个病是什么，这个药是什么，它为什么能治这个病。除此之外还有什么其他类别的药，这些药的原理和效果有哪些不同，各自又有哪些不足。

我还会标记有哪些地方是我感兴趣、或者可以拿来extrapolate写文章的。

对这个病/药有了足够的了解之后，顺着reference list一个一个去找，大概读一下abstract，看能不能用。或者在我已经有了基本的想法之后，看看这些文章能不能对我的文章有帮助。

在这个过程中，找的是现有研究中的gap。比如作者常会在introduction提一句limitations，比如「之前的文章大部分都focus在A，但是我们发现它有一个limitation」，或者「还有一个问题，……」。这些点就是可以拿来extrapolate成我自己文章main idea的地方。

通过这些地方，想出几种PICO的排列组合可能，最终确定下来一个main focus.

.

读这些文章的过程也是了解这个领域内科研术语、专有名词的过程。一边读，一边在手头留一个word list，可以用来搜索相关文献的关键词。有一些review里面会在methodology里面写它用了哪些search terms，像这些就可以记录一下。

如果没有的话，也可以参照上文的PICO来写。分别列出P, I, C, O四个类别，把记下来的各种词填进去，再想一想有什么替换词可以放进去。

搜集到这些terms之后，把他们写成搜索的那种复杂格式（MEDLINE），然后放进一个大的database里面搜索，看看有多少篇文章。为了能有成果，首选的当然是文章多的。

Advanced search教程我是看的这一篇（PMID: 24614997），还有之前选修课教过的东西。一般来说学校官网会有相关教程，也可以发邮件给librarian，看看它们能否提供帮助。

.

这个过程大概花了三四天的样子。因为一直读文献很累，所以和上边的找topic穿插进行，就不那么累。

如此两步下来，最后剩下三个topic。我对每一个都写了简短的notes，说明现状、问题，还有关于最终文章的想法，做了个PPT。等和导师见面的时候就一一解释过去，列出preference 1-3。最后选了第一个。导师和我一起想了一个scientific的题目，报给学校，就可以开始准备了。

PS. 虽然有些topic被舍弃掉了，讲这些的review也不要急着删，写得好的可以酌情留下，可以作为后面写作时候的参考。

文献搜索和整理

确定主题之后，就可以找相关的文献了。上面记录的search terms就可以再次拿出来使用。

我大概有60+条rules：25%是population/disease相关，40%是intervention相关，10%是control相关，25%是outcome相关。这些数字只是大概估计的数字。

.

我用到的Database是：PubMed, Scopus, ScienceDirect, Ovid.

还有一些Gray literature/未发表的site：BioRxiv, Opengrey, eTHOS.

微博上搜索「灰色文献」还能找到更多网站。我做的这个topic更新换代的速度没有那么快，所以什么都没搜到。

这个时候也可以选择subscribe to alerts，如PubMed的按钮就在这里，其他网站也有类似的。可以选择alert的频率，这样未来一旦有了符合搜索条件的文章，就会发邮件通知你。

找文献，包括后期读文献的时候，如果发现了眼熟的名字，说明这个人肯定在这个领域内有一定的话语权。顺着名字和co-authors继续找，有的时候还能发现不一样的惊喜。

同样地，在读文献的时候也可以扫一眼reference list. 如果有或许有用，但是没有在database里面找到的文章，也能借此机会发现。

.

在各个database搜索过后，导出文献列表，丢进文献管理软件，记住这里的文献数量。然后选择 remove duplicates，记住有多少条剩下。

放进软件的也不一定要下载了PDF，只要标题和abstract完整就可以了。

按理说，如果文献不多的话，在database的搜索结果里面一个一个读了之后，选择性下载也是可以的。但是这么做，一来不方便画PRISMA flow chart，二是搜索结果可能有波动，网络也可能有波动，一不小心就丢失进度，可能会影响结果。

虽然说糊弄过去也是可以的，但是这只是写论文的第二步就开始糊弄了，是不是不太好……！！

.

以上这些大概一两天就可以做完了。下一步就是对已下载文件的初步筛选。

在文献管理软件里，我分了几个文件夹：

• 未读
• Introduction有用
• 符合要求，正文要用
• Future possibilties
• 参照物
• 已读无用
• 待定

大部分文件夹的名字很好理解，「参照物」个可能需要解释一下。

我没什么科研写作的经验，俗话说，最好的起步就是模仿他人。

所以我读这个领域文章无聊的时候还会偶尔读一读别的topics，挑出它们写得好的文章放进来，写的时候可以模仿句式、结构等。

上面说到把topic舍弃不用，但内容很好的review留下来也是放到这个文件夹里的。

为查重计，里面的当然是越多越好，但也不要多到看不过来。

.

读文献的时候，先过一遍题目和abstract。有些文章一看题目就知道它和我想要做的毫无关系，在确认过abstract后还是毫无关系的就丢进「已读无用」。

其它的就按照它们或许有用的类别丢进相应的文件夹里。如果有哪一篇文章在不同的地方都有用的话，就复制一下，保证各个folder里面都有。

「Introduction有用」的一般都是领域相关，但是focus几乎没关系的地方。

「Future possibilities」一般也是领域相关，不过可能focus的是novel treatment，或者前沿科技，比如干细胞之类的。

只要确保「正文要用」这里的数量是对的，PRISMA应该就没问题。

如果读过题目和abstract之后还是不确定，就放进「待定」，等筛过一轮之后再精细阅读。

.

第二遍读的时候，就要读正文了。

我读的顺序是：Aim (Intro最后一段) → Conclusions → Methods → Results.

检查是否会有用的方法还是 “The PICO Rule”: 是否是我做的populations；是否是我做的那个intervention；是否和我有一样的control；是否有我需要的outcome.

如果有余力，可以重点关注一下Methods里面给的各项数据是否齐全且match。我这次就是在写的过程中发现有个作者的control没写n，让我一口老血吐出来……这种事还是能早预防就早预防的好（泪）。

这样再筛一轮之后，「未读」「待定」两个文件夹里应该就空了。记录下此时「正文要用」的文献数量，就可以进入精读部分了。

读文献

这个时候读，我会选择把文献下载下来，最好是可以电脑/iPad同步的，然后慢慢读。

趁机可以稍微了解一下risk of bias assessment tool是怎么写的，读的时候稍微注意一下，第一次能挑出来最好。

对我来说，要用的文献都是clinical trial类的。所以我在读的时候，会格外关注：

• Study population demographics
• Drug dose, frequency, route of adminisration
• Outcome and relevant measurements

这些信息就分别用一个颜色的高光笔标注。

其他的比如「这个结果的interpretation很有意思」「这点可能造成bias」，也用别的颜色标注一下。

一定要把颜色分得清清楚楚的，不然后面找起来会很费劲。如果有可能的话，control 和 intervention最好也用不同的颜色。

这些colour codes最好能在所有文献里保持统一，如果担心记不住的话，就写下来吧！一定要写下来！不要太相信脑子！它会骗人！被骗的话会哭出来的！

.

一边标注，也可以一边总结。

虽然导师建议了Excel，但我是资深Excel for Mac黑，所以是用Numbers记录的，即Mac端的Excel equivalent。

Sheet 1: Result Summary 的题头是：

Ref code里就是我给每一个study设定的reference key，用BibTeX的时候有用。这个放到后面讲写文章的时候再说。

所有的 dose 相关问题都放进了一栏里面，因为我发现这些数据都占地不大，学会拉丁文和缩写的话route of administration + frequency其实可以写很短。而且学这个还蛮有意思的。

Notes里面会写一些我认为需要注意的地方，比如某一篇用的测量方法和其他不同，诸如此类。

之后还有一些subgroup analysis，用的也是类似的格式。

⚠️：有些做efficacy的时候用的是standard deviation, 有些用的是risk ratio。这两个是不一样的，所以读的时候要注意标注。

.

Sheet 2: Risk of Bias Assessment 的表格是这样写的：

因为每个criteria的名字都很长，为了方便阅读，选择了这样的layout。

读到了就记一下，并不追求读过第一次就全部写完。

“Notes” 里面写不寻常的地方。

H/L/UC 分别代表 高风险、低风险、不确定风险 (unclear risk of bias)。

同时，Numbers可以设置conditional highlight，这样填写之后每个格子就有自己的颜色。截图调整一下就可以放到正文里了！

.

读的时候也可以想想，这些发现我可以怎么用，有哪些地方是可以用来discuss的。我把这些想法统一丢进了scrivener，暂不管可行性，就放在那里，有空的时候再来看。

另外，读文献的时候发现很多都用到了forest plot, heterogenity，之前的review也有很多evaluate了publication bias，所以也在读文献的过程中学习了一下这些是什么。

推荐几个视频，都是我看过觉得有用的：

Forest plot: https://youtu.be/py-L8DvJmDc

Heterogeneity: https://youtu.be/KSKCTXciGjI

Publication bias: https://youtu.be/UUk0zas0VL4

（都是同一个人，但是我真的觉得他讲的很有用……）

不喜欢看视频的话可以看Cochrane Handbook (https://training.cochrane.org/handbook/current)。我试了，但是看不懂……所以还是主要推荐视频。

Review a paper

因为导师偶尔会让我给他分析一篇文章，所以我也总结出了一个自己的template，做PPT也是基于这个思路来的。见面和presentation非常不正式，所以仅供参考。（懒得翻译了）

[Experimental]

1. What is the problem that they want to solve?
2. How does the authors design the study? Is it based on previous methods? Any remarkbale improvements?
3. How does the authors appraise their methodology? How is the trial set up? Any problems? Anything that can be used for reference?
4. What conclusion has the authors made? To what extent does it solve the authors’ research question? How strong are the solutions?
5. (Optional) Anything worth noting that’s not described above.
6. (Optional) Relevant articles that might be useful to look at and research on.

[Opinions]

1. What is the main argument?
2. What evidence are for the author(s)’ main argument? What evidence are against the author(s)’ main argument? How did they suppport the argument?
3. How did the author reach the final conclusion?
4. How strong are the evidence?
5. 6. Ditto.

接下来可能会写

1. 我是怎么写文章、poster & presentation 的
2. 好用的APP（Mac/iOS）
3. 写论文期间保持routine+摸鱼技巧

（虽然我大纲都写好了但是能不能写出来真的难说……如果懒得写我就丢大纲上来啊哈哈哈）