每日阅读
2011-10-01
S. A. Frank, 2011, Wright's adaptive landscape versus Fisher's fundamental theorem, arxiv.org
认为二者层次不同
Wright: a detailed dynamical model of evolutionary change in actual populations
Fisher: an abstract invariance and conservation law that, like all physical laws, captures essential
features of a system but does not account for all aspects of dynamics in real examples
主要起作用（on rapid evolution）的fluctuation source不同
Wright: stochastic fluctuations of gene combinations in small, isolated populations
Fisher: fluctuating selection in large populations was the main cause of fluctuation in nonadditive gene combinations
Fisher否认其为landscape上的运动计算速度；且否认potential的一般存在性
Wright搞landscape主要是为了他的Shifting Balance Theorem
Fisher seek a "closed" subset, for (isolately) complete & exact study of natural selection
partition the change of fitness and change of environment:
\delta W = ( W'|E - W|E ) + ( W'|E' - W'|E ) (the genetic variance in fitness)
Conservation law: increase by nature selection in fitness = decrease by deterioration of E.
And the FTNS: ( W'|E - W|E ) = 2 \addup_j (\delta q_j) b_j
wiki: SBT must includes non-additive genetic effects, a subdivided population, and gene flow.
FTNS express laws instead of long term dynamics.
P. Ao, 2005, Laws in Darwinian evolutionary theory, Phy. Life. Rev.
对FTNS（named F-theorem）的解读令人叹为观止！ascendancy matrix \propto genetic variance
------------------------
欲望之源
远古的基因，超现代的社会，mismatch
我反对兄弟，我和兄弟反对堂兄弟，我和堂兄弟反对族人，我和族人反对世界
2011-10-02
进化动力学，M. A. Nowak，图书馆资源
neutral和adaptive演化方式的争论，而我们的adaptive landscape可以统一二者？
Ao, 2009, Global view of bionetwork dynamics: adaptive landscape
可以引用的：Qian et al 2003: shows a promising potential in bringing out salient biological properties; related to the mathematical theory of large deviation
Wright自己就提供了landscape的两种视角：collection of large agents vs trajectory of a single agent
landscape has to make use of the concept of probability or stochasticity (embedded in FTNS).
噪声使landscape唯一
Fokker-Planck方程可能比Master equation更本质
how to construct? (asked by Endler, 1985)
2011-10-03
无
2011-10-04
无
2011-10-05
P. Ao, 2005, Phys. Life Rev.
efforts has been made to go around the potential function but still calculate the life time of metastable states (Machlup-Onsager functional method)
the time variation of Wright potential is slow comparing to the time scale of the problem
difference between population genetics and ecology
The third law of evolution: dealing with different stochastic integral, should specification (Ao: zero mass limit)
F-theorem: stochastic noise instead of deterioration of environment
2011-10-06
Kimura, 1969, THE AVERAGE NUMBER OF GENERATIONS UNTIL FIXATION OF A MUTANT GENE IN A FINITE POPULATION
investigated the fixation or loss time of a single mutant. They calculated it from the backward FPE as well but with different basic assumptions. The model considered the fixation (loss) process (driven by the random drift or selection) of a single mutant after its first appearance and neglected subsequent new mutants
also shown in their boundary setting Eq.(6)
2011-10-07
Barton, 1987, The Frequency of Shifts Between Alternative Equilibria
Barton的方法比我的好，没办法质疑。计算saddle point的probability flux (purterbation)，就是我算的出口rate。他的方法更神奇，用到了FPE的eigen-function和-value，(TODO) 等有时间了得研究一下。
我的算法在本框架中是自洽的。他唯一的“问题”是不能完全对应到本框架中（定义的U不是Boltzmann-Gibbs distribution）。u=0时，escape rate应该是0；4Nu>>1时，势函数也受到了影响，可能不再是U-shaped，不会出现在两个势阱中的Gaussian distributed。
即使s=0的情况，也是双稳态系统，也有escape的问题。当4Nu>>1时，
其他计算rate的文章：van Kampen (1981), Gardiner (1983), Hanggi (1986) and Weiss (1986).
2011-10-10
P. Ao, 2005, Phys. Life Rev. 中间部分
SDE-FPE dilemma: Biologically, it is a statement on how the dichotomy of deterministic and stochastic drives is done, a genuine indication of the hierarchial nature of the dynamics (3rd law of Ao). Ao specify the procedure by the zero mass limit: m -> 0.
2011-10-10
P. Ao, 2005, Phys. Life Rev. 后半部分
应该把其中的推导自己演绎一遍
2011-10-13
prelim数电部分（3题）：卡诺图，priority encoder，MIPS。补码，MUX。
2011-10-14
prelim DSP概率部分（1题，2D Gaussian）和CS部分（2题，Deadlock free，List insert），不过都浮光掠影，还要巩固。剩下2题应来自电路和模电（各一题，准备明早）。备用是System & Control（2题）和Tele Com（1题）。fixed，两天半复习时间。
2011-10-15
上午看了下模电，就是好玩（NPN三极管原理），做题却不好使。下午看自控原理。
2011-10-17
连日的prelim陷入混乱。现在就五张卷子来进行总结。
SP09:
数电：场效应管的使用基本已经掌握。上半部分连着Vd，输入取反，并为并联，交为串联；下半部分为上半部分整体取反（即串并交换，正反交换），输入不取反；中间连输出。卡诺图的两种视角（sop和pos）和简化（相邻合并原理）搞定。之后数字电路设计亦不难。
微机原理：MIPS指令的人工跟踪，easy enough。
DSP：只会做概率题。一些基本的概率论（多Gaussian），居然还不稳。两个相关Gaussian的和（mu1+mu2, sigma1^2+2*sigma1*sigma2*rho+sigma2^2）
自控原理：线性定常系统稳定，充要条件为特征方程（1+G(s)H(s)=0）所有根（系统所有极点）都有复实部（s平面左侧）。具体用劳斯判据。
操作系统：双进程的临界区。本质是有欲望，可以进wait()；但是turn需要由另一方给你（若刚给另一方，它就被切出了，那么本进程也不能走，因为它没有给我；进入临界区的条件是它没等或是我turn；多进程的话就不行，不知谁给谁）。
计组：居然不给specification，char 1 byte, double 8 bytes, pointer 4 bytes, int 4 bytes.
FA07:
数电：state diagram为状态转移图，然后是transition table，然后是简化逻辑表达式
微机原理：控制信号与数据，待研究
DSP：需要注意的是变量独立性
自控：奈氏曲线判稳，从s平面映射到GH平面，曲线是否包围（-1, 0）点。根轨迹图（root locus plot），极点开始零点结束，实轴上的段右边要有奇数个零极点，外则对称；渐进中心为极点和减去零点和再除以极点减零点数，渐进夹角为 pi的奇数倍除以极点减零点数。分离点和会合点：解P(s)Z'(s) - P'(s)Z(s) = 0.
操作系统：多进程对临界区的锁定，需要在判断中用原子操作 while(TestAndSet(&Locked)==1);
SP07:
数电：pFET+nFET=CMOS logic gate; 卡诺图中的prime implicant为最大的buble，其中essential的
含有别人没有的literal
模电：Bandpass gain? Corner freq = 1/(2pi*c*R)
DSP：（二维下）想不清楚的时候从cdf角度考虑
SP08:
EDA：？
DSP：rho=E((x-Ex)(y-Ey))/sigmax/sigmay
CS: working set: referenced pages. TLB: recently virtual-physical address match
2011-10-18
叔本华贴吧
把人们引向艺术和科学的最强烈的动机之一，是要逃避日常生活中令人厌恶的粗俗和使人绝望的沉闷，是要摆脱人们自己反复无常的欲望的桎梏。
一个人在大自然的级别中所处的位置越高，那他就越孤独，这是根本的，同时也是必然的。如果一个人身体的孤独和精神的孤独互相对应，那反倒对他大有好处。否则，跟与己不同的人进行频繁的交往会扰乱心神，并被夺走自我，而对此损失他并不会得到任何补偿。
我的哲学令人不快，因为我说出了真理。人，就应该这样自信！人，要么庸俗，要么孤独。
心性不高的人，幸福和快乐的唯一源泉是他的感官嗜好，充其量过一种舒适的家庭生活。
平庸的人喜好与人交往，喜欢迁就别人。这是因为他们忍受别人要比忍受他们自己来得更加容易。
获取幸福的错误方法莫过于追求花天酒地的生活，原因就在于我们企图把悲惨的人生变成接连不断的快感、欢乐和享受。这样，幻灭感就会接踵而至；与这种生活必然伴随而至的还有人与人的相互撒谎和哄骗。首先，生活在社交人群当中必然要求人们相互迁就和忍让；因此，人们聚会的场面越大，就越容易变得枯燥乏味。只有当一个人独处的时候，他才可以完全成为自己。谁要是不热爱独处，那他也就是不热爱自由，因为只有当一个人独处的时候，他才是自由的。
尼采认为，摆脱人生的根本烦恼和痛苦有两条出路：一条是逃往艺术之乡，把这个奇异的世界看成是一种美学现象；另一条是逃往认识之乡，这样，世界于你就是一间最合适的实验室。
比较好的生存状态：意欲与智力成合适比例。
并不是所有的书都像它们的读者一般愚笨的。可能，有好些话正是针对我们的境遇而说的，如果我们真正倾听了，懂得了这些话，它们之有利于我们的生活，将胜似黎明或阳春，很可能给我们一副新的面目。多少人在读了一本书之后，开始了他生活的新纪元！一本书，能解释我们的奇迹，又能启发新的奇迹，这本书就为我们而存在了。在目前，我们的说不出来的话，也许在别处已经说出来了。那些扰乱了我们，使我们疑难、困惑的问题也曾经发生在所有聪明人心上；一个问题都没有漏掉，而且每一个聪明人都回答过它们，按照各自的能力，用各自的话和各自的生活。 ——瓦尔登湖
提醒自己独立思考，越是崇拜越要清醒；一个哲学家再伟大，说的都是自己的经历。
2011-10-24, 25
叔本华思想随笔 韦启昌是牛人
2011-10-31, 11-01
Matrix Analysis by Horn
2011-11-02
图灵机：模拟人在纸上的计算过程（擦写和移动到下一个位置），其实就是有限状态机，构成了有记忆的信号系统（input, inner states, output）；敖老师认为基于进化的算法（evolution by variation & selection）从根本上超越了图灵机思想。
敖老师又再次强调了他的跨越式研究路线：从genetic switch开始，直接到全网络来研究癌症；中间的过程建议Wang J去做（models, path ways），结果一年几篇PNAS。
Weinreich, Finding the Floor of the Valley between Fitness Maxima Illustrates a Novel Limitation to Wright’s Landscape Analogy, 2011, preprint.
在一个神奇的二维系统（p_A=p_B=p, D=p_{ab}p_{AB} - p_{aB}p_{Ab}）下讨论vector flow（对应于f？），只考虑recombination和selection（忽略Mutation）；由vector flow的环流证明势函数不存在。Ao的评价是，文章well written，如何把一个point充分展现出来。Tang Ying被要求在里面构造势函数，明天需要帮他查找其生物意义。
孟岩：《理解矩阵3》，比前两篇还要精彩。
2011-11-03
Ewens2003 about 2-D model (like in Moran's 1964)
Weinreich 将其引用的标准population genetics公式推出
2011-11-05
Moran 1964
没有linkage disequilibrium （D=0）时，W_1系统更自然：二维空间由P和p撑开，各自独立演化；W_2系统的等价性来自：c_1~c_4的四维体系中有两个constraints: \sum c_i = 1; c_1c_4 = c_2c_3.
D\neq 0时，W_2系统更自然，只用将上面的c_1c_4 = c_2c_3限制去掉，并令变量D = c_1c_4 - c_2c_3，归结为三维系统；但W_1系统难以表示，因为是隐式限制，如Pp \neq c_1，等等。
或许在坐标系变换上可以带来一些启示。
(22), (23)式似乎是对Lagrange multiplier在多变量情况下的推广。
prof. Ao says，学好三大块数学：分析，代数，概率随机。代数TMD短板！！！
2011-11-06
马克思辩证唯物主义：关于联系和发展的科学。三大规律：对立统一，量变质变，否定之否定。
2011-11-07
叔本华，论性爱，又读了一遍。精彩。
2011-11-21
E. Akin, Cycling in simple Genetic Systems, 1982
包含很多有趣的issue，而且是在TLTA模型中，关于adaptive landscape，Hopf bifurcation和极限环
~2011-12-01
过去的十天读的比较散，包括：道德经，严楞经，宽容；矩阵分析，进化动力学；Wright1967, Weinreich2011。收获颇小，需要focus。
2011-12-02
傅佩荣/百科/wiki（I Ching），易经的基本结构：
爻，效仿，效仿天地的变化
八卦歌诀：乾三连，坤六断，震仰盂，艮覆碗，离中虚，坎中满，兑上缺，巽下断。
经：上经30卦，下经34卦，文王所作
卦辞：卦辞就是说明每一卦的要义和判断吉凶的断语，如乾卦中的元亨利贞
爻辞：各爻要义和判断吉凶的文辞，包含爻题（爻在卦中的位置和阴阳性质）
传：七种十篇，孔子所作
彖：卦辞的注释。
象：卦名及爻辞的注释。
其中解释64卦卦名卦义的有64条称为[大象]；解释386爻爻辞的有386条称为[小象]。《大象传》对卦象的解释，是从经卦的取象（自然元素）入手的；前句往往讲天道，后句往往讲人道；针对全卦而言，与《彖传》相同，但它绝不涉及卦辞内容。小象传》则主要采用爻位法和取义法。
易经：你看到的是答案，要找的是理由
2011-12-03, 04
暂时放下易经和佛经，研读孟子“浩然之气”
2011-12-08
到了还书的日子，于是记一下即将还掉的几本书的摘要。
《瓦尔登湖》
愚蠢的读书人：无论哪个人，都会煞费苦心地去拣一枚银币，可黄金的文字在这，那些出自古代最睿智人之口，其智慧价值被历代公认的文字——而我们读的只不过还是些轻松读物。我看不出两种文盲之间有什么明显差别：一种是我镇上目不识丁的老乡，另一种是制度儿童书籍和弱智读物的人。
生活随想：我到林中去是因为我想谨慎地生活，只面对生活的基本要素，看我是否学到了生活所要传授的东西，以免死到临头才发觉虚度一生。我不希望过非生活的生活，活着是如此珍贵；我也不想隐世遁逃，除非迫不得已。
不要上百万地去算计，六七个就足够。
我们患了圣维斯特舞症，根本无法使自己平静下来。一夜醒来，新闻必不可少，就像早餐一样。假如我们读到一个人被抢劫，谋杀或死于非命，一个房子着火了……我们再不用读别的了。一条就足够了。如果你清楚了其中的原则，还有必要去关心这么多的实际例子和应用吗？什么新闻啊！更重要的是知道一些万古常新的东西！
在思索中穷尽一生
简朴生活：我曾在玉米地里采了一些马齿苋，煮熟后加点盐，简简单单一碟菜让我美餐了一顿，在好多地方我都对它很满意。
没有人会穷到需要坐南瓜的份儿上。……。确实，这类东西你拥有的越多，就越贫困。
独居的益处：太阳，风雨，夏天，冬天，大自然这种无以言表的纯洁与仁善，永远提供这么多的健康与欢笑！它们如此同情我们这个民族，如果什么人有正当理由悲伤，整个大自然都会受其感染……莫非我与大地之间没有通灵之处？莫非我与绿叶，养育植物的泥土本就不是一体？什么药物能使我们健康，安宁，幸福……让我畅饮一口清晨的纯净空气吧。清晨的空气啊！
择距而谈
劳有所获：尽管我没有施肥，也没有一次性把所有地都锄一遍。但我经常一到地里就开始锄，最后也得到了相应的报偿。
消极抵抗：如果人们所求的只是一只山毛榉木碗，世间将不会再有战事纷争。
适当饮食：许多年来我几乎不吃肉了，也很少喝茶或咖啡之类的东西，倒不是因为它们的副作用，而是因为它们不合我的思想。我不喜欢荤菜不是来自经验，而是本能。从很多方面看来，卑微艰苦的生活很美。尽管我没有这样生活过，但我很高兴在自己的想象中驰骋，自得其乐。我相信，不论什么人，只要他真正想要自己更高尚，或者说更有诗意的官能保持在最佳状态，他就不会吃荤，而且不会暴饮暴食。
经验之论：人类之所以有意去选择这种普通的生活方式，是因为与别的方式相比，他们更中意这种。他们也诚恳地认为再无其他选择了。而清醒健康的人都会记得太阳每天都会光亮地升起。抛弃我们的偏见吧，任何时候都还来得及。无论多么古老的思想与行为，如果未经验证，都不可轻信。年长者未必比年轻人出色，甚至还不及他们，没有资格对其予以指导，因为他们获益的远远不及失去的。他们自己的经验偏狭局促，他们的一生充满惨痛的失败，他们不得不承认这些失败都是由自己一手造成的；也许他们依然保留着某种信仰，掩饰着它们的经历，只是他们已不再年轻。
我们应在一小时内体验世界的整个历程，历史，诗歌，神话！——我不知道读哪个人的经历，会比这更令人惊叹，使人增长见识。
仍然只是借了没有读的书：经典力学的数学方法（自学比较困难），热力学与统计物理学（缺乏motivation），康德经典文存（康德的语言没有叔本华吸引人）。
少量阅读了的：佛教十三经。关于金刚经和楞严经的看法已述。前者空洞的说教性，后者重点还是语言的模糊性。两本易经的书籍，基本是就着曾仕强的讲解看完了乾坤屯蒙需讼师比，之后的没有动力看下去。之后到了合适的时候，看傅佩荣的视频，再回来参阅。
断续反复阅读了的：叔本华的两本书（思想随笔/韦启昌，悲喜人生/范进），思想零星的渗透，没有什么好总结的。或许暂时放下它们，虽然在一定意义下叔本华解说了大部分的真理，但是现在不适合。
之后打算实行素食素饮，沉静思想，或许阅读以梭罗，蒙恬为代表的自然/超验主义作品。
晚上读维特根斯坦，语言反映世界->反应世界，描述与对应->活动或游戏，基本是数学结构的insight
2012-05-14
S.M.Ross, Introduction to Probability Theory, Variance Reduction Techniques.
S. A. Frank, 2011, Wright's adaptive landscape versus Fisher's fundamental theorem, arxiv.org
认为二者层次不同
Wright: a detailed dynamical model of evolutionary change in actual populations
Fisher: an abstract invariance and conservation law that, like all physical laws, captures essential
features of a system but does not account for all aspects of dynamics in real examples
主要起作用（on rapid evolution）的fluctuation source不同
Wright: stochastic fluctuations of gene combinations in small, isolated populations
Fisher: fluctuating selection in large populations was the main cause of fluctuation in nonadditive gene combinations
Fisher否认其为landscape上的运动计算速度；且否认potential的一般存在性
Wright搞landscape主要是为了他的Shifting Balance Theorem
Fisher seek a "closed" subset, for (isolately) complete & exact study of natural selection
partition the change of fitness and change of environment:
\delta W = ( W'|E - W|E ) + ( W'|E' - W'|E ) (the genetic variance in fitness)
Conservation law: increase by nature selection in fitness = decrease by deterioration of E.
And the FTNS: ( W'|E - W|E ) = 2 \addup_j (\delta q_j) b_j
wiki: SBT must includes non-additive genetic effects, a subdivided population, and gene flow.
FTNS express laws instead of long term dynamics.
P. Ao, 2005, Laws in Darwinian evolutionary theory, Phy. Life. Rev.
对FTNS（named F-theorem）的解读令人叹为观止！ascendancy matrix \propto genetic variance
------------------------
欲望之源
远古的基因，超现代的社会，mismatch
我反对兄弟，我和兄弟反对堂兄弟，我和堂兄弟反对族人，我和族人反对世界
2011-10-02
进化动力学，M. A. Nowak，图书馆资源
neutral和adaptive演化方式的争论，而我们的adaptive landscape可以统一二者？
Ao, 2009, Global view of bionetwork dynamics: adaptive landscape
可以引用的：Qian et al 2003: shows a promising potential in bringing out salient biological properties; related to the mathematical theory of large deviation
Wright自己就提供了landscape的两种视角：collection of large agents vs trajectory of a single agent
landscape has to make use of the concept of probability or stochasticity (embedded in FTNS).
噪声使landscape唯一
Fokker-Planck方程可能比Master equation更本质
how to construct? (asked by Endler, 1985)
2011-10-03
无
2011-10-04
无
2011-10-05
P. Ao, 2005, Phys. Life Rev.
efforts has been made to go around the potential function but still calculate the life time of metastable states (Machlup-Onsager functional method)
the time variation of Wright potential is slow comparing to the time scale of the problem
difference between population genetics and ecology
The third law of evolution: dealing with different stochastic integral, should specification (Ao: zero mass limit)
F-theorem: stochastic noise instead of deterioration of environment
2011-10-06
Kimura, 1969, THE AVERAGE NUMBER OF GENERATIONS UNTIL FIXATION OF A MUTANT GENE IN A FINITE POPULATION
investigated the fixation or loss time of a single mutant. They calculated it from the backward FPE as well but with different basic assumptions. The model considered the fixation (loss) process (driven by the random drift or selection) of a single mutant after its first appearance and neglected subsequent new mutants
also shown in their boundary setting Eq.(6)
2011-10-07
Barton, 1987, The Frequency of Shifts Between Alternative Equilibria
Barton的方法比我的好，没办法质疑。计算saddle point的probability flux (purterbation)，就是我算的出口rate。他的方法更神奇，用到了FPE的eigen-function和-value，(TODO) 等有时间了得研究一下。
我的算法在本框架中是自洽的。他唯一的“问题”是不能完全对应到本框架中（定义的U不是Boltzmann-Gibbs distribution）。u=0时，escape rate应该是0；4Nu>>1时，势函数也受到了影响，可能不再是U-shaped，不会出现在两个势阱中的Gaussian distributed。
即使s=0的情况，也是双稳态系统，也有escape的问题。当4Nu>>1时，
其他计算rate的文章：van Kampen (1981), Gardiner (1983), Hanggi (1986) and Weiss (1986).
2011-10-10
P. Ao, 2005, Phys. Life Rev. 中间部分
SDE-FPE dilemma: Biologically, it is a statement on how the dichotomy of deterministic and stochastic drives is done, a genuine indication of the hierarchial nature of the dynamics (3rd law of Ao). Ao specify the procedure by the zero mass limit: m -> 0.
2011-10-10
P. Ao, 2005, Phys. Life Rev. 后半部分
应该把其中的推导自己演绎一遍
2011-10-13
prelim数电部分（3题）：卡诺图，priority encoder，MIPS。补码，MUX。
2011-10-14
prelim DSP概率部分（1题，2D Gaussian）和CS部分（2题，Deadlock free，List insert），不过都浮光掠影，还要巩固。剩下2题应来自电路和模电（各一题，准备明早）。备用是System & Control（2题）和Tele Com（1题）。fixed，两天半复习时间。
2011-10-15
上午看了下模电，就是好玩（NPN三极管原理），做题却不好使。下午看自控原理。
2011-10-17
连日的prelim陷入混乱。现在就五张卷子来进行总结。
SP09:
数电：场效应管的使用基本已经掌握。上半部分连着Vd，输入取反，并为并联，交为串联；下半部分为上半部分整体取反（即串并交换，正反交换），输入不取反；中间连输出。卡诺图的两种视角（sop和pos）和简化（相邻合并原理）搞定。之后数字电路设计亦不难。
微机原理：MIPS指令的人工跟踪，easy enough。
DSP：只会做概率题。一些基本的概率论（多Gaussian），居然还不稳。两个相关Gaussian的和（mu1+mu2, sigma1^2+2*sigma1*sigma2*rho+sigma2^2）
自控原理：线性定常系统稳定，充要条件为特征方程（1+G(s)H(s)=0）所有根（系统所有极点）都有复实部（s平面左侧）。具体用劳斯判据。
操作系统：双进程的临界区。本质是有欲望，可以进wait()；但是turn需要由另一方给你（若刚给另一方，它就被切出了，那么本进程也不能走，因为它没有给我；进入临界区的条件是它没等或是我turn；多进程的话就不行，不知谁给谁）。
计组：居然不给specification，char 1 byte, double 8 bytes, pointer 4 bytes, int 4 bytes.
FA07:
数电：state diagram为状态转移图，然后是transition table，然后是简化逻辑表达式
微机原理：控制信号与数据，待研究
DSP：需要注意的是变量独立性
自控：奈氏曲线判稳，从s平面映射到GH平面，曲线是否包围（-1, 0）点。根轨迹图（root locus plot），极点开始零点结束，实轴上的段右边要有奇数个零极点，外则对称；渐进中心为极点和减去零点和再除以极点减零点数，渐进夹角为 pi的奇数倍除以极点减零点数。分离点和会合点：解P(s)Z'(s) - P'(s)Z(s) = 0.
操作系统：多进程对临界区的锁定，需要在判断中用原子操作 while(TestAndSet(&Locked)==1);
SP07:
数电：pFET+nFET=CMOS logic gate; 卡诺图中的prime implicant为最大的buble，其中essential的
含有别人没有的literal
模电：Bandpass gain? Corner freq = 1/(2pi*c*R)
DSP：（二维下）想不清楚的时候从cdf角度考虑
SP08:
EDA：？
DSP：rho=E((x-Ex)(y-Ey))/sigmax/sigmay
CS: working set: referenced pages. TLB: recently virtual-physical address match
2011-10-18
叔本华贴吧
把人们引向艺术和科学的最强烈的动机之一，是要逃避日常生活中令人厌恶的粗俗和使人绝望的沉闷，是要摆脱人们自己反复无常的欲望的桎梏。
一个人在大自然的级别中所处的位置越高，那他就越孤独，这是根本的，同时也是必然的。如果一个人身体的孤独和精神的孤独互相对应，那反倒对他大有好处。否则，跟与己不同的人进行频繁的交往会扰乱心神，并被夺走自我，而对此损失他并不会得到任何补偿。
我的哲学令人不快，因为我说出了真理。人，就应该这样自信！人，要么庸俗，要么孤独。
心性不高的人，幸福和快乐的唯一源泉是他的感官嗜好，充其量过一种舒适的家庭生活。
平庸的人喜好与人交往，喜欢迁就别人。这是因为他们忍受别人要比忍受他们自己来得更加容易。
获取幸福的错误方法莫过于追求花天酒地的生活，原因就在于我们企图把悲惨的人生变成接连不断的快感、欢乐和享受。这样，幻灭感就会接踵而至；与这种生活必然伴随而至的还有人与人的相互撒谎和哄骗。首先，生活在社交人群当中必然要求人们相互迁就和忍让；因此，人们聚会的场面越大，就越容易变得枯燥乏味。只有当一个人独处的时候，他才可以完全成为自己。谁要是不热爱独处，那他也就是不热爱自由，因为只有当一个人独处的时候，他才是自由的。
尼采认为，摆脱人生的根本烦恼和痛苦有两条出路：一条是逃往艺术之乡，把这个奇异的世界看成是一种美学现象；另一条是逃往认识之乡，这样，世界于你就是一间最合适的实验室。
比较好的生存状态：意欲与智力成合适比例。
并不是所有的书都像它们的读者一般愚笨的。可能，有好些话正是针对我们的境遇而说的，如果我们真正倾听了，懂得了这些话，它们之有利于我们的生活，将胜似黎明或阳春，很可能给我们一副新的面目。多少人在读了一本书之后，开始了他生活的新纪元！一本书，能解释我们的奇迹，又能启发新的奇迹，这本书就为我们而存在了。在目前，我们的说不出来的话，也许在别处已经说出来了。那些扰乱了我们，使我们疑难、困惑的问题也曾经发生在所有聪明人心上；一个问题都没有漏掉，而且每一个聪明人都回答过它们，按照各自的能力，用各自的话和各自的生活。 ——瓦尔登湖
提醒自己独立思考，越是崇拜越要清醒；一个哲学家再伟大，说的都是自己的经历。
2011-10-24, 25
叔本华思想随笔 韦启昌是牛人
2011-10-31, 11-01
Matrix Analysis by Horn
2011-11-02
图灵机：模拟人在纸上的计算过程（擦写和移动到下一个位置），其实就是有限状态机，构成了有记忆的信号系统（input, inner states, output）；敖老师认为基于进化的算法（evolution by variation & selection）从根本上超越了图灵机思想。
敖老师又再次强调了他的跨越式研究路线：从genetic switch开始，直接到全网络来研究癌症；中间的过程建议Wang J去做（models, path ways），结果一年几篇PNAS。
Weinreich, Finding the Floor of the Valley between Fitness Maxima Illustrates a Novel Limitation to Wright’s Landscape Analogy, 2011, preprint.
在一个神奇的二维系统（p_A=p_B=p, D=p_{ab}p_{AB} - p_{aB}p_{Ab}）下讨论vector flow（对应于f？），只考虑recombination和selection（忽略Mutation）；由vector flow的环流证明势函数不存在。Ao的评价是，文章well written，如何把一个point充分展现出来。Tang Ying被要求在里面构造势函数，明天需要帮他查找其生物意义。
孟岩：《理解矩阵3》，比前两篇还要精彩。
2011-11-03
Ewens2003 about 2-D model (like in Moran's 1964)
Weinreich 将其引用的标准population genetics公式推出
2011-11-05
Moran 1964
没有linkage disequilibrium （D=0）时，W_1系统更自然：二维空间由P和p撑开，各自独立演化；W_2系统的等价性来自：c_1~c_4的四维体系中有两个constraints: \sum c_i = 1; c_1c_4 = c_2c_3.
D\neq 0时，W_2系统更自然，只用将上面的c_1c_4 = c_2c_3限制去掉，并令变量D = c_1c_4 - c_2c_3，归结为三维系统；但W_1系统难以表示，因为是隐式限制，如Pp \neq c_1，等等。
或许在坐标系变换上可以带来一些启示。
(22), (23)式似乎是对Lagrange multiplier在多变量情况下的推广。
prof. Ao says，学好三大块数学：分析，代数，概率随机。代数TMD短板！！！
2011-11-06
马克思辩证唯物主义：关于联系和发展的科学。三大规律：对立统一，量变质变，否定之否定。
2011-11-07
叔本华，论性爱，又读了一遍。精彩。
2011-11-21
E. Akin, Cycling in simple Genetic Systems, 1982
包含很多有趣的issue，而且是在TLTA模型中，关于adaptive landscape，Hopf bifurcation和极限环
~2011-12-01
过去的十天读的比较散，包括：道德经，严楞经，宽容；矩阵分析，进化动力学；Wright1967, Weinreich2011。收获颇小，需要focus。
2011-12-02
傅佩荣/百科/wiki（I Ching），易经的基本结构：
爻，效仿，效仿天地的变化
八卦歌诀：乾三连，坤六断，震仰盂，艮覆碗，离中虚，坎中满，兑上缺，巽下断。
经：上经30卦，下经34卦，文王所作
卦辞：卦辞就是说明每一卦的要义和判断吉凶的断语，如乾卦中的元亨利贞
爻辞：各爻要义和判断吉凶的文辞，包含爻题（爻在卦中的位置和阴阳性质）
传：七种十篇，孔子所作
彖：卦辞的注释。
象：卦名及爻辞的注释。
其中解释64卦卦名卦义的有64条称为[大象]；解释386爻爻辞的有386条称为[小象]。《大象传》对卦象的解释，是从经卦的取象（自然元素）入手的；前句往往讲天道，后句往往讲人道；针对全卦而言，与《彖传》相同，但它绝不涉及卦辞内容。小象传》则主要采用爻位法和取义法。
易经：你看到的是答案，要找的是理由
2011-12-03, 04
暂时放下易经和佛经，研读孟子“浩然之气”
2011-12-08
到了还书的日子，于是记一下即将还掉的几本书的摘要。
《瓦尔登湖》
愚蠢的读书人：无论哪个人，都会煞费苦心地去拣一枚银币，可黄金的文字在这，那些出自古代最睿智人之口，其智慧价值被历代公认的文字——而我们读的只不过还是些轻松读物。我看不出两种文盲之间有什么明显差别：一种是我镇上目不识丁的老乡，另一种是制度儿童书籍和弱智读物的人。
生活随想：我到林中去是因为我想谨慎地生活，只面对生活的基本要素，看我是否学到了生活所要传授的东西，以免死到临头才发觉虚度一生。我不希望过非生活的生活，活着是如此珍贵；我也不想隐世遁逃，除非迫不得已。
不要上百万地去算计，六七个就足够。
我们患了圣维斯特舞症，根本无法使自己平静下来。一夜醒来，新闻必不可少，就像早餐一样。假如我们读到一个人被抢劫，谋杀或死于非命，一个房子着火了……我们再不用读别的了。一条就足够了。如果你清楚了其中的原则，还有必要去关心这么多的实际例子和应用吗？什么新闻啊！更重要的是知道一些万古常新的东西！
在思索中穷尽一生
简朴生活：我曾在玉米地里采了一些马齿苋，煮熟后加点盐，简简单单一碟菜让我美餐了一顿，在好多地方我都对它很满意。
没有人会穷到需要坐南瓜的份儿上。……。确实，这类东西你拥有的越多，就越贫困。
独居的益处：太阳，风雨，夏天，冬天，大自然这种无以言表的纯洁与仁善，永远提供这么多的健康与欢笑！它们如此同情我们这个民族，如果什么人有正当理由悲伤，整个大自然都会受其感染……莫非我与大地之间没有通灵之处？莫非我与绿叶，养育植物的泥土本就不是一体？什么药物能使我们健康，安宁，幸福……让我畅饮一口清晨的纯净空气吧。清晨的空气啊！
择距而谈
劳有所获：尽管我没有施肥，也没有一次性把所有地都锄一遍。但我经常一到地里就开始锄，最后也得到了相应的报偿。
消极抵抗：如果人们所求的只是一只山毛榉木碗，世间将不会再有战事纷争。
适当饮食：许多年来我几乎不吃肉了，也很少喝茶或咖啡之类的东西，倒不是因为它们的副作用，而是因为它们不合我的思想。我不喜欢荤菜不是来自经验，而是本能。从很多方面看来，卑微艰苦的生活很美。尽管我没有这样生活过，但我很高兴在自己的想象中驰骋，自得其乐。我相信，不论什么人，只要他真正想要自己更高尚，或者说更有诗意的官能保持在最佳状态，他就不会吃荤，而且不会暴饮暴食。
经验之论：人类之所以有意去选择这种普通的生活方式，是因为与别的方式相比，他们更中意这种。他们也诚恳地认为再无其他选择了。而清醒健康的人都会记得太阳每天都会光亮地升起。抛弃我们的偏见吧，任何时候都还来得及。无论多么古老的思想与行为，如果未经验证，都不可轻信。年长者未必比年轻人出色，甚至还不及他们，没有资格对其予以指导，因为他们获益的远远不及失去的。他们自己的经验偏狭局促，他们的一生充满惨痛的失败，他们不得不承认这些失败都是由自己一手造成的；也许他们依然保留着某种信仰，掩饰着它们的经历，只是他们已不再年轻。
我们应在一小时内体验世界的整个历程，历史，诗歌，神话！——我不知道读哪个人的经历，会比这更令人惊叹，使人增长见识。
仍然只是借了没有读的书：经典力学的数学方法（自学比较困难），热力学与统计物理学（缺乏motivation），康德经典文存（康德的语言没有叔本华吸引人）。
少量阅读了的：佛教十三经。关于金刚经和楞严经的看法已述。前者空洞的说教性，后者重点还是语言的模糊性。两本易经的书籍，基本是就着曾仕强的讲解看完了乾坤屯蒙需讼师比，之后的没有动力看下去。之后到了合适的时候，看傅佩荣的视频，再回来参阅。
断续反复阅读了的：叔本华的两本书（思想随笔/韦启昌，悲喜人生/范进），思想零星的渗透，没有什么好总结的。或许暂时放下它们，虽然在一定意义下叔本华解说了大部分的真理，但是现在不适合。
之后打算实行素食素饮，沉静思想，或许阅读以梭罗，蒙恬为代表的自然/超验主义作品。
晚上读维特根斯坦，语言反映世界->反应世界，描述与对应->活动或游戏，基本是数学结构的insight
2012-05-14
S.M.Ross, Introduction to Probability Theory, Variance Reduction Techniques.
