RPKM, FPKM, TPM的计算与区别

                
                
TPM可以用于同一物种不同组织间的比较，因为Sum(TMPs)的值总是唯一的。
然而如果要在不同物种之间比较，则需要利用物种间的同源基因，取top 1000 rank 最保守的同源基因，取median expression levels，来计算scaling factor.
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在研究基因表达比较的时候，最终要的事情就是normalization!!!!
可以从两个方面：
1、从总量上，像fpkm,TPM这些，都是试图从这个方面上normalize，不然你认为他们为什么不直接比较 read 数目呢？
2、利用内参基因（一般是表达稳定的），有一些研究，再计算fpkm 或 TPM这些值后，从两个样本中找排名最保守的前1000名，找到一个因子将相对应的基因表达值调到一致，再利用这个因子调其他的基因，这一例就是从内参角度来normalize。