信号肽分析工具说明

工具地址：http://www.detaibio.com/tools/signal-peptide.html

一、填写说明

1.1 序列输入：

有两种方式进行序列输入：

l 直接输入FASTA格式的氨基酸序列，可以是一条也可以是多条：

l 上传本地含有FASTA格式序列的文件、

注意：

n 输入的序列必须为氨基酸序列，且必须为FASTA格式；

n 每次最多提交2000条序列进行分析；总氨基酸残基不能超过20万；每条序列不能超过6000条残基。

1.2 物种选择

根据你预测的蛋白质来选择真核生物，格兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌。

1.3 图片输出

默认选择PNG即可

1.4 输出格式

默认为标准模式，输出的结果中含有预测的图表，序列的总体分析数据如是否还有信号肽及其位点；详细模式除标准模式中含有的数据外还有每个氨基酸对应的相应分析数据；剪短模式的结果仅有序列的总体分析数据。同样建议默认不要改变。因为详细模式中的数据对我们来说意义不大。

1.5 位点限制

一般来讲，信号肽在蛋白质N端，极少超过45个氨基酸残基。所以在序列中仅N端部分序列对信号肽的分析预测具有重要作用。默认为分析N端的70个氨基酸，后面的不做分析。如果你想要全部的分析将此值设置为0即可。

二、隐私声明

用户可以选择在线查看结果，也可以在点击提交按钮后在等待界面填写邮箱将分析结果直接发送至邮箱。当用户离开页面或将分析结果发送至邮箱后，后台会自动将用户的序列信息删除，保证用户序列信息不被泄露。

三、结果显示

分析结果主要涉及3个值：C、S和Y。

S值：每个氨基酸对应1个S值，在结果显示的图标中有一个曲线显示S值的变化趋势，信号肽区域的S值较高

C值：剪切位点的值。每个氨基酸会有一个C值，在剪切位点处的C值是最高的。

Y值：Y-max综合考虑S值和C值的一个参数，其比单独考虑C值要精准，因为在一系列中C值可能有不止一个较高的位点，但是剪切位点只有一个；此时的剪切位点就由Y-max值来推测，为S值是陡峭的位置和具有高C值的位点。