密码子偏爱性介绍及密码子分析软件
如何分析基因的密码子偏爱性：
将要分析的基因序列递交到EMBOSS（http://genopole.toulouse.inra.fr/bioinfo/emboss），运行chips和cusp程序，在线进行密码子偏向性的计算.EMBOSS 的 chips程序计算要分析的基因序列,得到一个Nc值 ，该值是一个基因的密码子使用频率与同义密码子平均使用频率偏差的量化值。Nc值的范围为20(每个氨基酸只使用一个密码子的极端情况)到61(各个密码子均被平均使用)。据此分析其密码子的使用情况,然后运行EMBOSS 的cusp程序，就可得到的密码子使用频率表.
密码子使用分析软件：
1.对分析序列的顺序没有要求，把要分析都装在一个文件里面，每个序列的格式都是fasta格式。高表达的基因的确定，是根据CAI、CBI、NC的值来确定的；具体解释如下： 密码子适应指数(Codon Adaptation Index，CAI),密码子适应指数常用于基因表达水平的测量。此值为0～1,越接近1表示基因的表达水平越高。 密码子偏爱指数(codonbiasindex)CBI反应了一个具体基因中高表达优越密码子的组分情况.对目的宿主自身的基因,该指数和Nc值有很好的相关性,但在实际工作中可以更明确地反映外源基因在目的宿主中可能的表达情况,故而得到广泛应用.计算公式如下:CBI=(Nopt-Nran)/(Ntot-Nran),Nopt代表优越密码子在该基因中出现次数之和;Nran代表氨基酸序列不变,所有同义密码子随机出现时优越密码子的出现次数之和;Ntot代表了优越密码子对应的氨基酸在基因中出现的次数之和. 密码子有效数(effectivenumberofcodons)Nc反映的是一个基因中所用到的密码子种类的多少,其数值一般在20～61之间.考虑到不同基因的长短和氨基酸组分不同,有关计算时引入了处理以消除这一影响,故Nc数值不是整数且可能大于61,已知高表达基因其密码子偏爱程度也大,从而Nc值较小;低表达基因则含有较多种类的稀有密码子,Nc值也较大,所以,当前普遍通过比较Nc来确定内源基因表达量的相对高低.Nc值越小,对应的内源基因往往表达量也越高,有关工作已证明了这一方法的可行性. 2.这个问题我也想知道^_^，那个兄弟可以解答，先，谢谢了^_^ 3.结果一般我用EditPLUs打开，里面全是你选择计算的结果。具体的意思参考下面的文献哈 4.EMBOSS的200多个程序里面也有密码子分析程序：cusp 和chisp。我一般是结合起来用，作一个检验 ，相当于对照^_^。（我觉得EMBOSS功能强大，而且是免费的，大家必备哈） 稀有密码子在线分析、密码子适应指数CAI计算在线工具、密码子使用频率在线计算
查询不同生物的密码子
资源网址(URLs): http://www.kazusa.or.jp/codon 题名[中]: 密码子使用数据库 题名[英]: Codon Usage Database 关键词[中]: 密码子使用表/密码子/物种/使用频率/数据库/基因转录 关键词[英]: Codon Usage Table/Codon/Species/Usage Frequency/Database/Gene Transcription 创建者[英文名]: Ikemura, Toshimichi 创建者地址[英]: Laboratory of Evolutionary Genetics, National Institute of Genetics 出版者[英文名]: Ikemura, Toshimichi 关联.是部分[URI]: http://www.kazusa.or.jp/
资源描述: 密码子使用数据库是CUTG的WWW延伸版本，物种密码子使用频率可以从该网站查询。查询可以通过物种拉丁名或其子字符串搜索。每个物种密码子使用表包括密码子使用的频率（千分比）和每个密码子在物种所有CDS中使用的总数。现在数据库中已包括16591种物种或700501个蛋白编码基因全序列。 我来推荐一个Codon Usage Analyzer（见链接） 其与Codon Usage Database 结合使用，使你的密码优化变得更简单！ http://bioinformatics.org/codon/cgi-bin/codon.cgi